Accéder aux paquets Diamond

Il existe deux façons d’accéder aux paquets Guix de Diamond.

Méthode 1 : utiliser la configuration stable du canal

La méthode la plus fiable consiste à utiliser le fichier channels-stable.scm fourni dans le dépôt apptainer-singularity-projects.

Avec ce fichier, les commandes Guix peuvent être exécutées via :

guix time-machine -C channels-stable.scm -- <commande>

Cela garantit que les bonnes versions de toutes les dépendances sont utilisées. Par exemple, après avoir cloné le dépôt, vous pouvez reconstruire l’un des conteneurs Diamond avec :

guix time-machine -C channels-stable.scm -- pack -f squashfs -S /bin=bin -S /share=share -m src/manifests/<image>.manifest

Méthode 2 : ajouter le canal Guix de Diamond à la configuration de Guix.

Vous pouvez également ajouter le canal Guix de Diamond à votre configuration locale Guix. Les paquets Diamond seront alors disponibles aux côtés des paquets GNU Guix standards, sans avoir besoin d’utiliser guix time-machine.

Pour ceci, créez le fichier ~/.config/guix/channels.scm et ajoutez-y le contenu suivant :

;; Ajouter les paquets DIAMOND à ceux fournis par GNU Guix.
(cons (channel
        (name 'guix-channel)
        (url "https://gricad-gitlab.univ-grenoble-alpes.fr/diamond/guix/guix-channel.git"))
      %default-channels)

Puis mettez à jour votre liste de paquets :

guix pull

Cette commande met à jour à la fois les paquets GNU Guix standards et les paquets Diamond.

Attention

Une fois guix pull terminé, il est important d’exécuter les commandes suivantes afin de vous assurer que vous utilisez bien la version la plus récente de la commande guix :

GUIX_PROFILE="$HOME/.config/guix/current"
. "$GUIX_PROFILE/etc/profile"

Vous pouvez vérifier que les paquets Diamond sont disponibles avec :

guix search quantum-espresso

Ensuite, par exemple, quantum-espresso et OpenMPI peuvent être installés avec :

guix install quantum-espresso openmpi@4

Utilisation des paquets Guix

Utilisation de guix shell

La commande guix shell crée un environnement temporaire contenant toute la stack logiciel nécessaire à l’exécution d’un programme.

Il est recommandé d’utiliser :

• l’option --pure, qui supprime les variables d’environnement héritées du système hôte (similaire à l’option --cleanenv d’Apptainer) ;
• un fichier manifest.scm, qui liste tous les paquets nécessaires.

Des exemples de fichiers manifest sont disponibles dans le dépôt apptainer-singularity-projects.

Une utilisation typique est :

guix shell --pure -m quantum-espresso.manifest

Cette commande démarre un environnement propre contenant tous les paquets listés dans le manifeste.

Utilisation de guix time-machine

Certaines applications nécessitent des versions spécifiques de leurs dépendances. Si vous avez mis à jour vos paquets avec guix pull vous pouvez disposer de versions plus récentes qui ne sont pas compatibles avec le code que vous souhaitez utiliser. La commande guix time-machine permet d’utiliser une ancienne collection de paquets Guix en restaurant l’état précédent des canaux. Diamond fournit le fichier channels-stable.scm dans le dépôt apptainer-singularity-projects. Ce fichier fixe des versions compatibles de toutes les dépendances nécessaires. Il permet ainsi d’utiliser les paquets Diamond de manière fiable.

Par exemple, pour créer un environnement contenant quantum-espresso et OpenMPI :

guix time-machine -C channels-stable.scm -- shell --pure quantum-espresso openmpi@4 bash bash-completion

Cette commande crée un environnement reproductible avec les versions correctes des paquets et de leurs dépendances.