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Comment installer Apptainer ?

Ce tutoriel présente succinctement le processus d’installation du logiciel de conteneurisation Apptainer. Il est d’ailleurs largement basé sur les instructions d’installations officielles, et nous vous invitons à consulter ces ressources pour plus de détails.

Le logiciel fonctionne sur toute distribution Linux moderne ; il ne tourne pas de façon native sur Windows et MacOS, n’étant pas compatible avec les noyaux de ces systèmes d’exploitation. Pour ces plateformes, une solution de machine virtuelle ou un conteneur Docker est préconisée : plus d’informations ici.

Enfin, ce tutoriel se concentre sur les versions en cours d’exploitation : si vous utilisez une version de distribution Linux qui n’est plus supportée (par exemple CentOS 7 ou Ubuntu 18.04) et que vous rencontrez une erreur difficile à résoudre, n’hésitez pas à nous contacter !

Installation de paquets Ubuntu

Commande en une ligne

Les commandes à lancer pour l’installation des paquets Ubuntu sont les suivantes :

sudo apt update
sudo apt install -y software-properties-common
sudo add-apt-repository -y ppa:apptainer/ppa
sudo apt update
sudo apt install -y apptainer

Détail des étapes

Pour installer directement les paquets Ubuntu pré-construits destinés aux architectures amd64 et arm64, il faut pouvoir accéder aux archives de paquets personnels (Personal Package Archive - PPA) d’Apptainer.

Dans un premier temps, il faut donc s’assurer d’avoir accès à la commande add-apt-repository :

sudo apt update
sudo apt install -y software-properties-common # Pour pouvoir lancer la commande de la ligne suivante
sudo add-apt-repository -y ppa:apptainer/ppa

Ensuite, on termine l’installation ainsi :

sudo apt update
sudo apt install -y apptainer

Installation de paquets Debian

Commande en une ligne

Les commandes à lancer pour l’installation des paquets Debian sont les suivantes :

sudo apt update
sudo apt install -y wget
cd /tmp
wget https://github.com/apptainer/apptainer/releases/download/v1.2.5/apptainer_1.2.5_amd64.deb
sudo apt install -y ./apptainer_1.2.5_amd64.deb

Détail des étapes

Pour installer les paquets Debian pré-construits uniquement destinés aux architectures amd64, il faut accéder au dépôt GitHub contenant le paquet en installant wget :

sudo apt update
sudo apt install -y wget

Une fois wget disponible, on récupère le paquet .deb avant de l’installer sur la machine :

cd /tmp
wget https://github.com/apptainer/apptainer/releases/download/v1.2.5/apptainer_1.2.5_amd64.deb
sudo apt install -y ./apptainer_1.2.5_amd64.deb

Installation RedHat, Fedora, CentOS

Paquets RPMs depuis GitHub

À l’arrivée de chaque nouvelle version, un paquet RPM (RedHat Package Manager) est disponible sur GitHub :

sudo yum install -y https://github.com/apptainer/apptainer/releases/download/v1.2.5/apptainer-1.2.5-1.x86_64.rpm

Paquets RPMs depuis EPEL ou Fedora

Les paquets sont également disponibles via EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux). Sous RedHat, il est préalablement nécessaire de pouvoir accéder aux dépôts EPEL :

sudo yum install -y epel-release

Dès lors, on peut installer les paquets ainsi :

sudo yum install -y apptainer

Installation sans droits superutilisateur

Pour les utilisateurs sans droits administrateurs sur leur machine, il est également possible de recourir à un script installant des binaires pré-construits, comprenant une variété d’utilitaires dont Apptainer dépend. Le script fonctionne pour les distributions dérivées de Red Hat Enterprise Linux, mais aussi pour Fedora, SUSE/OpenSUSE, Debian, et Ubuntu. Il est toutefois nécessaire d’avoir accès (via la variable $PATH) aux outils suivants : curl rpm2cpio cpio.

Pour exécuter ce script, lancez la commande suivante :

curl -s https://raw.githubusercontent.com/apptainer/apptainer/main/tools/install-unprivileged.sh | \
    bash -s - install-dir

Toutefois, notez que pour exécuter Apptainer, la commande globale n’est pas directement accessible et il faut à la place lancer install-dir/bin/apptainer. Nous vous suggérons de créer un alias apptainer pointant vers cet exécutable dans votre ~/.bashrc ou ~/.bash_aliases.

Installation sur Windows / MacOS

Pour les utilisateurs et utilisatrices Windows, une page de documentation dédiée est disponible ici.

Pour les utilisateurs Mac, il est recommandé d’utiliser Lima via Homebrew sur la documentation d’Apptainer.