Lancer un conteneur de visualisation sur les frontales HPC

Il est possible de lancer un conteneur de visualisation (type Ovito) sur les frontales HPC. Pour ce faire, vous devez au préalable vous connecter aux frontales avec le X11 forwarding via la commande :

ssh -X dahu.ciment # pour se connecter au cluster Dahu par exemple

Ensuite, il faut veiller à monter le dossier $HOME pour avoir accès au fichier .Xauthority (qui stocke les cookies d’authentification de la session). Cela vous permettra de renseigner la variable d’environnement $DISPLAY sans obtenir d’erreur au moment d’utiliser le conteneur.

Vous aurez ensuite un retour graphique pour l’image Apptainer d’Ovito grâce à la commande :

apptainer run --contain --bind $HOME --cleanenv --env DISPLAY=$DISPLAY ovito.sif

Attention

Il est déconseillé de lancer des processus lourds sur les frontales des clusters. Sur certains clusters, il existe des services tuant tous les processus qui s’exécutent plus de X minutes. C’est le cas notamment des frontales dahu et bigfoot.