Est-ce que DIAMOND fournit des ressources informatiques ou des heures de calcul ?

En bref, non. Le projet DIAMOND a pour objectif d’accompagner les partenaires du PEPR DIADEM en mettant à disposition des codes conteneurisés, des chaînes de calcul scientifiques (notamment via AiiDA) ainsi qu’une expertise en intelligence artificielle. En revanche, il ne fournit pas d’accès à des ressources de calcul.

Comment lancer un conteneur de visualisation sans droits super-utilisateur ?

Si vous n’avez pas les droits super-utilisateurs sur votre machine, il se peut que vous rencontriez des problèmes pour autoriser le retour graphique à partir des conteneurs de visualisation. Pour résoudre ce problème, vous pouvez utiliser la commande xhost (pour ajouter un nom d’hôte à la liste des machines pour lesquelles une connexion X est autorisée) via la commande :

xhost +SI:localhost:<username> # pour se connecter au cluster Dahu par exemple

Une fois que vous avez fini d’utiliser le conteneur, nous vous recommandons de rétablir le comportement initial de votre session via la commande xhost -SI:localhost:<username>

Note

Ce problème nous a uniquement été signalé, pour le moment, sur les sessions basées sur wayland. En conséquence, la solution proposée n’a pu être éprouvée que dans ce cas particulier. Si vous rencontrez ce problème dans d’autres conditions et/ou que la solution ci-dessus ne fonctionne pas pour vous, merci de nous le signaler.

Comment lancer un conteneur de visualisation sur les frontales HPC ?

Il est possible de lancer un conteneur de visualisation (type Ovito) sur les frontales HPC. Pour ce faire, vous devez au préalable vous connecter aux frontales avec le X11 forwarding via la commande :

ssh -X dahu.ciment # pour se connecter au cluster Dahu par exemple

Ensuite, il faut veiller à monter le dossier $HOME pour avoir accès au fichier .Xauthority (qui stocke les cookies d’authentification de la session). Cela vous permettra de renseigner la variable d’environnement $DISPLAY sans obtenir d’erreur au moment d’utiliser le conteneur.

Vous aurez ensuite un retour graphique pour l’image Apptainer d’Ovito grâce à la commande :

apptainer run --contain --bind $HOME --cleanenv --env DISPLAY=$DISPLAY ovito.sif

Attention

Il est déconseillé de lancer des processus lourds sur les frontales des clusters. Sur certains clusters, il existe des services tuant tous les processus qui s’exécutent plus de X minutes. C’est le cas notamment des frontales dahu et bigfoot.