Comment utiliser l'image Apptainer OpenCalphad ?
Prérequis
- Avoir installé Apptainer (guide d’installation)
- Avoir téléchargé l’image opencalphad.sif disponible ici
- Avoir téléchargé les fichiers d’entrée disponibles ici
Pour plus d’informations sur les conteneurs Apptainer, veuillez consulter la page dédiée ou suivre ce tutoriel pour s’approprier les principales commandes d’Apptainer.
Fichiers d’entrée
Pour illustrer les différentes commandes, un ensemble de fichiers d’entrée pour OpenCalphad est disponible sous forme d’archive via ce lien.
Ces fichiers sont adaptés d’un exemple de tutoriel du dépôt officiel d’OpenCalphad. L’archive contient les fichiers suivants :
input.OCM: un fichier d’entrée OpenCalphad pour calculer et tracer le diagramme de phases du système C-Fe,steel1.TDB: un fichier de base de données.
Dans ce tutoriel, nous supposerons que les fichiers d’entrée contenus dans cette archive se trouvent dans le répertoire courant. Pour les extraire :
tar -xzf opencalphad-tutorial-inputs.tar.gzGuide de démarrage rapide
Pour les plus impatients, voici comment lancer un calcul OpenCalphad dans le cas où le répertoire courant contient l’image opencalphad.sif ainsi que tous les fichiers d’entrée OpenCalphad nécessaires :
apptainer exec opencalphad.sif oc6P input.OCMUtilisation détaillée du conteneur OpenCalphad
Cette section explique comment utiliser l’image OpenCalphad pour calculer et tracer le diagramme de phases classique du système C-Fe. Pour plus de détails sur les commandes Apptainer, veuillez consulter ce tutoriel.
Introduction
OpenCalphad est une suite logicielle open-source parallélisée avec OpenMP, conçue pour les calculs thermodynamiques de systèmes multicomposants.
L’exécutable principal de l’image est oc6P. Les diagrammes produits par OpenCalphad sont tracés avec l’exécutable gnuplot, également embarqué par le conteneur.
Utilisation de l’exemple du tutoriel avec OpenCalphad
Le fichier d’entrée input.OCM permet de tracer le diagramme de phases du système C-Fe. Il a été obtenu par adaptation de l’exemple map3.OCM du répertoire macros du
dépôt officiel correspondant à la version du logiciel intégrée dans le conteneur (v.6.0). Une description de cet exemple se trouve dans la
documentation officielle à la page 14, section 4.3.3 : Phase diagram for C-Fe.
Pour lancer le calcul :
apptainer exec opencalphad.sif oc6P input.OCMCette commande affiche différents diagrammes gnuplot, tels qu’un diagramme de phases pour le système incluant toute la gamme de teneurs en carbone jusqu’au graphite, ainsi que le diagramme de phases métastable du système C-Fe avec la cémentite. Après chaque tracé, l’utilisateur est invité à appuyer sur la touche Entrée dans son terminal pour déclencher le tracé suivant. Certains des diagrammes attendus sont présentés dans la
documentation de l’exemple.
À la fin du calcul, un shell interactif est ouvert par OpenCalphad. Ce shell peut être fermé en toute sécurité avec la combinaison de touches Ctrl/Command + C.
Exécution d’autres exemples avec l’image du conteneur OpenCalphad
La
documentation officielle décrit de nombreux autres exemples simples pour présenter les capacités du logiciel OpenCalphad. Les fichiers d’entrée associés se trouvent dans le répertoire
macros du dépôt de cette version. Une légère adaptation est nécessaire pour exécuter ces exemples avec la version conteneurisée du logiciel. Pour permettre l’exécution d’un script .OCM avec l’image du conteneur OpenCalphad, ajouter simplement les lignes suivantes au tout début du script :
enter gnuplot_term
SCREEN
x11 size 600,500 font "Arial,16"Ces lignes garantissent que gnuplot utilise le système de fenêtres X11 au lieu de la bibliothèque Qt qui n’est pas intégrée au conteneur.
Dans la plupart des scripts d’exemple, le mot-clé @& est utilisé à plusieurs endroits pour mettre l’exécution en pause jusqu’à ce qu’une touche soit pressée. Ces commandes peuvent être supprimées sans risque lorsqu’elles ne sont pas placées entre deux tracés. Lorsqu’elles séparent des tracés, ces pauses ne doivent pas être supprimées car cela amènerait gnuplot à afficher deux fois de suite la même figure.
Par ailleurs, la commande set inter à la fin d’un script OpenCalphad est responsable du déclenchement du shell interactif à la fin de l’exécution du script. La suppression de cette commande déclenche une erreur à la fin de l’exécution d’un script.