Utilisation détaillée du conteneur Neper

Cette section explique comment utiliser l’image Neper. Pour plus de détails sur les commandes Apptainer, veuillez consulter ce tutoriel.

Introduction

Neper est un logiciel de modélisation et de simulation de matériaux polycristallins, permettant de générer et d’analyser des microstructures de grains en 2D/3D via des tessellations de Voronoi et le maillage de données expérimentales. C’est un outil robuste et efficace largement utilisé par les spécialistes des matériaux pour l’analyse des joints de grains, de leur texture, ainsi que pour l’analyse par éléments finis des polycristaux.

L’exécutable principal de l’image est neper. La version du logiciel intégrée dans l’image du conteneur peut être affichée avec la commande suivante :

apptainer exec neper.sif neper --version

La licence du code peut être trouvée sous le chemin suivant : /share/doc/neper-xx.xx.xx/COPYING où xx.xx.xx est la version du logiciel. Elle peut être consultée depuis l’extérieur du conteneur comme suit :

neper_version=$(apptainer exec neper.sif neper --version)
apptainer exec neper.sif cat /share/doc/neper-$neper_version/COPYING

L’image contient également d’autres exécutables utiles, tels que gmsh pour la génération de maillage, ou povray et asy pour la génération d’images.

Utilisation du conteneur Neper pour générer et mailler une tessellation simple

L’exécutable Neper au sein de l’image du conteneur neper.sif peut être utilisé en ajoutant simplement la commande apptainer exec neper.sif avant une commande neper. Pour illustrer cela, considérons le tutoriel suivant issu de la documentation officielle. Une tessellation simple de 100 cellules peut être générée comme suit :

apptainer exec neper.sif neper -T -n 100

Cette tessellation peut être visualisée via la commande suivante qui génère un fichier PNG nommé img1.png qui devrait ressembler à l’image représentée dans le tutoriel :

apptainer exec neper.sif neper -V n100-id1.tess -print img1

Elle peut être maillée avec la commande suivante :

apptainer exec neper.sif neper -M n100-id1.tess

Le maillage peut être visualisé via la commande suivante qui génère un fichier PNG nommé img2.png qui, encore une fois, devrait ressembler à l’image maillée représentée dans le tutoriel :

apptainer exec neper.sif neper -V n100-id1.tess,n100-id1.msh -print img2

Le reste des commandes exposées dans le tutoriel peut être extrapolé de la même manière à partir de ces exemples.