Fichiers d’entrée

Pour illustrer les différentes commandes, un ensemble de fichiers d’entrée pour Abinit est disponible sous forme d’archive via ce lien.

Ces fichiers correspondent à un tutoriel issu de la documentation officielle d’Abinit. L’archive contient les fichiers suivants :

• H8.psp8 : pseudo-potentiels pour l’atome d’hydrogène,
• input.abi : fichier d’entrée Abinit.

Dans ce tutoriel, nous supposerons que les fichiers d’entrée contenus dans cette archive se trouvent dans le répertoire courant. Pour les extraire :

tar -xzf abinit-tutorial-inputs.tar.gz

Guide de démarrage rapide

Pour les plus impatients, voici comment lancer un calcul Abinit parallèle sur N cœurs avec Apptainer, dans le cas où le répertoire courant contient l’image abinit.sif ainsi que tous les fichiers d’entrée nécessaires :

apptainer exec abinit.sif mpirun -np <N> abinit input.abi

Utilisation détaillée du conteneur Abinit

Cette section présente différentes façons d’utiliser l’image Abinit. Pour plus de détails sur les commandes Apptainer, veuillez consulter ce tutoriel.

Introduction

Abinit est une suite logicielle open-source parallélisée avec MPI permettant de calculer les propriétés des matériaux via la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT).

L’exécutable principal de l’image se nomme abinit. La licence du code se trouve sous le chemin suivant : /share/doc/abinit-10.4.7/COPYING, et peut être consultée depuis l’extérieur du conteneur comme suit :

apptainer exec abinit.sif cat /share/doc/abinit-10.4.7/COPYING

Utilisation du conteneur Abinit pour les calculs parallèles

Le fichier d’entrée input.abi permet d’obtenir la pseudo-énergie totale, la longueur de liaison, la densité de charge et l’énergie d’atomisation de la molécule $H_2$ en suivant le tutoriel de la documentation officielle. Une fois les fichiers d’entrée extraits, Abinit peut être exécuté en parallèle sur N cœurs comme suit :

apptainer exec abinit.sif mpirun -np <N> abinit input.abi

La commande ci-dessus utilise le mode parallèle « embarqué » d’Apptainer. Plus d’informations sur l’utilisation des conteneurs Apptainer en parallèle, y compris sur les clusters, sont disponibles sur cette page.